医院废水含有大量的细菌、病毒等病原微生物，还有药物残留、重金属等污染物，处理要求比普通废水更高，核心是严格消毒，确保处理后的废水不会传播疾病。医院废水处理首先要进行预处理，通过格栅、沉淀池去除废水中的悬浮物、泥沙等杂质，为后续消毒处理创造条件。
消毒处理是医院废水处理的关键环节，常用的消毒方法有化学消毒和物理消毒。化学消毒常用的药剂有次氯酸钠、二氧化氯等，通过向废水中添加消毒药剂，杀死病原微生物；物理消毒常用的方法有紫外线消毒，利用紫外线的杀菌作用，破坏病原微生物的核酸结构，达到消毒效果。
医院废水处理还要注意污泥的处理，污泥中含有大量的病原微生物和污染物，必须进行无害化处理，比如高温堆肥、焚烧等，避免污泥造成二次污染。处理后的废水要定期检测，确保各项指标符合医院废水排放标准后才能排放。医院要建立完善的废水处理管理制度，安排专人负责设备的运行和维护，确保处理系统长期稳定运行。