土壤污染治理难度大、周期长、成本高，相比末端治理，源头管控更为重要。通过加强源头管控，减少污染物进入土壤，从根本上防范土壤污染，能有效降低土壤修复成本，保护土壤生态环境。土壤污染源头管控需结合各类污染源的特点，采取针对性的措施，构建全方位的防控体系。
工业污染是土壤污染的主要源头之一，需加强对工业企业的监管，要求企业完善废水、废气、固体废物处理设施，确保达标排放，避免污染物通过废水渗透、废气沉降、固体废物填埋等方式污染土壤。对于重金属污染严重的行业，需优化生产工艺，推广清洁生产技术，减少重金属排放。
农业污染管控方面，合理使用农药、化肥、地膜等农业投入品，推广绿色种植技术，减少化学药剂的使用量，避免过量使用导致污染物在土壤中积累。加强农业废弃物回收利用，及时清理废弃地膜，防止地膜残留污染土壤。此外，还要加强对固体废物的管理，规范生活垃圾、工业固废、危险废物的填埋和处置，避免废物中的污染物渗漏到土壤中。建立土壤污染监测预警体系，定期对土壤质量进行监测，及时发现污染隐患并处理。